Entre los fondos expuestos en El Museo Diocesano destacan ‘Las Constituciones del Colegio de San Antonio de Portacoeli de Sigüenza’ (1484), libros de Coro, alguno mandado hacer por el propio Cisneros sobre rito mozárabe, el Libro de Actas del Cabildo Catedralicio o algunas piezas del propio museo como la ‘Inmaculada’ de Francisco de Zurbarán.
También se ha incluido una réplica de una imprenta del siglo XVI, invento que hizo posible la edición de la Biblia Políglota Complutense y paneles informativos que, a través de monitores de televisión, acercarán al visitante a la figura del cardenal, fundador de la Universidad de Alcalá, tercer inquisidor general de Castilla y hasta regente en dos ocasiones.
En la Catedral seguntina habrá espacios claves para visitar como la Sala Capitular, la conocida como Sala de Grados de la Universidad, la puerta del Mercado o la iglesia de San Pedro, el púlpito gótico de la Epístola, el Coro que contó con el mecenazgo cisneriano y finalmente, la Capilla del Doncel.
También en la Catedral se mostrarán una serie de trajes de época, algunos de ellos de la serie de Televisión Española ‘Isabel’.